Ce raccourci est un peu facile à mon avis. Voici l’organisation du ministère de l’intérieur ci cela vous intéresse.
Un préfet est nommé et affecté à un poste territorial par décret signé du président de la République, en conseil des ministres (Article 13 de la Constitution française), et sur la proposition du Premier ministre et du ministre de l’Intérieur.
Ce n’est pas parce que le ministre de l’intérieur est consulté pour la nomination du préfet que par ricochet les préfectures sont partie intégrantes du ministère de l’intérieur. Il n’y a qu’à voir les prérogatives du préfet pour se rendre compte qu’il est le représentant de l’état, donc ne peut être assimilé à un seul ministère.
Mon but n’est pas d’étendre le débat mais simplement d’éclairer, j’en reste là 
. Vous êtes libre de croire ou non.
Bien à vous !